Une fois les groupes de TPE constitués à raison de maximum cinq élèves par groupe, chaque élève se voit remettre une fiche individuelle de suivi, laquelle comporte notamment le nom de l’élève, la date à laquelle le travail a été effectué, la part du travail individuel qui a été effectuée par l’élève  et celle du travail collectif qu’a effectué le groupe, puis les tâches que se fixe l’élève et le groupe pour la suite. Ce travail de suivi concerne notamment le travail de documentation sur le sujet choisi. L’élève note ainsi les différentes étapes du travail que lui et son groupe effectuent.

L’autre instrument de travail est le carnet de bord que chaque élève doit (et cela lui est vivement conseillé en début de séquence !) tenir à titre individuel et sur lequel il va faire figurer toutes les étapes de recherche documentaire, d’élaboration et de réalisation du TPE telles qu’il y a participé. L’élève doit ainsi indiquer de manière systématique le produit des recherches effectuées par lui et par le groupe, en indiquant très précisément les références de ses sources comme vu plus haut. Ce dernier outil est une hybridation entre un agenda, un journal de bord, un carnet d’enquêtes et un cahier de brouillon pour l’élève.

Ces deux outils vont permettre, d’une part de vérifier le cheminement de chaque élève ainsi que celui de son groupe dans l’avancement de son TPE.

Après cette phase de recherche documentaire pour préparer le TPE, vient la phase de conception proprement dite.